หลักการทำงานของแปรงสีฟันไฟฟ้าคือ มอเตอร์จะขับเคลื่อนหัวแปรงแบบวงกลมเพื่อหมุน ซึ่งเสริมความแข็งแกร่งของเอฟเฟกต์การเสียดสีในขณะที่ทำการแปรงแบบธรรมดา การสั่นสะเทือนเล็กน้อยที่เกิดจากการหมุนด้วยความเร็วสูงของแปรงสีฟันไฟฟ้าไม่เพียงแต่ช่วยเพิ่มการไหลเวียนโลหิตในปากเท่านั้น แต่ยังมีผลการนวดที่ไม่คาดคิดบนเนื้อเยื่อเหงือกอีกด้วย
ในกระบวนการทำงาน แปรงสีฟันไฟฟ้าแบบอะคูสติกส่วนใหญ่อาศัยการทำงานของไมโครมอเตอร์ในแปรงสีฟันเพื่อขับเคลื่อนหัวแปรงสีฟันให้เริ่มแกว่งด้วยความเร็วสูงจากซ้ายไปขวา และหัวแปรงสีฟันจะทำให้เกิดการสั่นสะเทือนทางกลในกระบวนการ ของการเคลื่อนไหว นั่นคือ คลื่นเสียง คลื่นเสียงที่เกิดจากแปรงสีฟันไฟฟ้าระหว่างการใช้งานมีผลในการทำความสะอาดฟันที่แตกต่างกันเนื่องจากความถี่ต่างกัน โดยทั่วไป ผลการทำความสะอาดของแปรงสีฟันโซนิคจะแปรผันโดยตรงกับความถี่และแอมพลิจูดของคลื่นเสียง
แปรงสีฟันไฟฟ้าแบบโรตารี่ส่วนใหญ่ใช้มอเตอร์ภายในแปรงสีฟันเพื่อขับเคลื่อนหัวแปรงแบบวงกลมเพื่อหมุน ซึ่งสามารถเสริมสร้างผลกระทบจากการเสียดสีของแปรงสีฟันบนฟันในขณะที่ทำการกระทำของแปรงสีฟันธรรมดา เมื่อเทียบกับแปรงสีฟันไฟฟ้าแบบอะคูสติก แปรงสีฟันแบบโรตารี่มีราคาที่ต่ำกว่าและหลักการทำงานที่ค่อนข้างง่าย
